2005年12月23日，JumpFesta上展示了名为“2006年新数码兽计划”的短篇，预示着数码兽新动画（《数码兽拯救者》）的展开，于富士电视台播放。系列时隔数年再次展开，主人公一行的年龄由小学生提升到了中学生。

数码宝贝第五部《数码宝贝拯救者》故事讲述的是初二学生大门大意外地遇到了亚古 兽，两人见面就大 打出手，事后亚古 兽称大为大哥，但是数码特搜 部队（DATS）不容许未受其队 员管理的数码兽留存在这个世界上，必需送回 数码世界，而后汤岛告诉 大若加入DATS他就可以跟数码世界的强敌战斗，大因此加入DATS，与淑乃及托玛组成小组，一同解决数码事件。

托玛发现日本的数码事件频率 增加并非偶然，因此请 假回到欧洲调查，发现根源来自于人 类的七宗罪。而 比丘兽的事情让大他们知道了其幕后黑手是究极体 数码兽——水银兽 搞的鬼，也因此决定动

身前往数码世界。而在数码世界，他们见到了一个人类小孩——郁人，他自称数码兽，对人类怀有怨恨。

历经艰难以后和汤岛老人会合并见到了水银兽，水银兽指责人类没有遵守 约定，严重干扰了数 码世界的秩序，对数码兽实施残酷 的杀戮，然而汤岛却一再强调人类什么事情都没有做。最后谈判破 裂，汤岛一面努力制造混乱局面，一面把大一行人送回了人类世界，自己却留在了数码世界。回到人类世界的大家决定去见见郁人的父母。

在见到郁人的父母后，郁人拒绝承认自己人类的身份，在大的开导下，他才准备融入这个家庭，并希望回 到数码世界，跟水银 兽告别。然而等待他们的，却是 水银兽的死亡，而杀死它的，就是曾经和大的父亲，郁人的父母以及汤岛、萨摩一同前往过数码世界的仓田。

评价：剧情也有很出彩的——描写大托马淑乃郁人的身世感觉还是很感人的，大门大的父亲，童年记忆，托马小时候母亲去世给他的伤痛，淑乃小时候的怯懦，郁人小时候 因为被雪人兽领养又亲眼看见雪人兽被人杀害因此仇视人类到最后被感化；番长狮子兽与大门英的点点滴滴；皇家骑士一开始因为与人类世界的反复干涉，以守护数 码世界为名，接受了世界树的命令，出动去消灭人类世界，在人类世界各地展开破坏活动。因此与大门大他们产生了对立。“数码宝贝永远与人类世界为敌，消灭人 类才是王道““不消灭人类誓不罢休”到最后“倒戈”帮助人类，在第五部很多皇家骑士都出现了——奥米加兽金甲龙兽公爵兽君主兽还有一些以前从未出面的颅骨 兽芳香兽都登场了。

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