数码宝贝第二部全集故事发生在第一次冒险的三年后，数码世界又随即开始出现新的危机，为此而出现了新的被选中的孩子来拯救这个世界，毕竟除了阿武和小光外，原本被选中的孩子们都进入中学，无法再长时间地守护数码世界和他们的数码兽伙伴；某日，一位自称凯撒的凶暴少年突然出现，不但攻击数码兽，还利用黑暗螺旋环和黑暗塔企图控制数码兽们，在他的处处逼迫之下，数码兽迫于无奈展开战斗。

新一代被选召的小孩们共三个，另外还有阿武和小光继续参战，他们每个人都获得一台新的暴龙机“D-3”，他们以此通过电脑进入数码世界，另外一个用处是“装甲进化”，只要使用数码装甲就可以让他们的数码精灵即使在黑暗力量的控制下，也可以完成装甲进化；最后，大家成功阻止邪恶的凯撒完成阴谋，但他最重要的数码兽──虫虫兽因为小贤（凯撒的人格）的错而死去，小贤对他之前错误的行为感到后悔，所以决定加入被选召的小孩们，与新出现的敌人亚基利兽（Archnemon）和他的伙伴干尸兽（Mummymon）战斗，亚基利兽有独特的力量，可以把黑暗塔的控制力变强，为了与这个新的威胁战斗，孩子们得知了DNA Digivolution，使他们的数码精灵合体以获得更多力量，然后，当战斗被带入现实世界，真正的策划者——及川 悠纪夫出现，他从小贤那里得到了黑暗种子，并把它植入了希望和小贤一样的孩子们的身体里，那些种子利用小孩们心中黑暗的力量成长成为花，而被选中的孩子们面对及川，知道他是个极端不合群的人，他唯一的朋友是伊织的父亲——火田浩树，浩树和及川年轻的时候经常在一起玩电子游戏，之后着迷于数码世界并且非常希望到那里去，再过来，有个物体从他的身体里弹出，无不同于“真正的”邪恶意念，以往第一辑的究极吸血魔兽（Venom Vamdemon），现在再生为邪恶吸血魔兽（Belial Vamdemon）。

最后，全世界被选召的孩子们一起帮忙，存在于每个人心中的光明和希望令数码世界重新回到那个美好的地方，而及川因为太虚弱而不能进入数码世界，他把自己的力量送给了自己热爱的数码世界，和数码世界永远在一起，恢复和平后，数码世界和现实世界被联系起来，每个人都拥有了自己的数码兽。

评价：本作是数码宝贝第一部的续作，数码宝贝第一部中的主角在本作中都有登场。甚至还有阿武和嘉儿这两个在第一部中已经是主角到了数码宝贝第二部还是主角的存在。作为一部新作，当然不能再以第一部的主角们为中心，叙述故事的重点应该放在第二部的主角们上。但是，第一部有着极高的人气，其中的主角们有着大量的粉丝。 如果断然放弃第一部的主角们，让他们在续作中只是打酱油的话，我想粉丝们是不会接受的。但很遗憾的是，制作人们就是这么干的。

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