在2022年的近未来，人类发明了“神经连接纳米机器(NLN)”并得到普及。透过NLN，人类的意识能够完美地连接到网络空间。而本作的男主角御影礼望，他那14岁的义妹诗希因跳级而转校至“冲之鸟岛大型海浮城市(OMFC)”的学院当中。有一天，诗希透过Skype向礼望诉说了一件非常震撼的事。那就是诗希现在是透过网终“直接”与他交谈，她的意识现在正是在网络空间之上，她的脑袋给植入了NLN，而她的身体则是放在一个注满了培养液的“Body Pool(躯体池)”之中。当初，虽然礼望对此事十分惊讶，但他最终都接受了诗希的决定。可是，当“Early Rupture(早破)”意外发生时，礼望便因此失去了她的妹妹。因为网络服务器不胜负荷，数以万计的使用者迷失于网络之上，而他们的身体则成为了没有灵魂的身体，继续在“躯体池”之中。为了把诗希带回来这个世界，寻回她那迷失在网络上的意识，礼望决定前往OMFC。但当他在诗希的家中碰见了从医院逃出来的诗希时，他却发现身体虽然是诗希的，但内里的意识却是另有其人!! 而当礼望正想思考当下所发生的事时，诗希的家却遭到猛烈的袭击…

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