在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间佩斯顿服务驱除班秘密处理Amazonz。
就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去地平稳生活着的青年水泽悠·假面骑士Amazon Omega和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁·假面骑士Amazon Alfa相识，慢慢懂得了在Amazonz的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
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