昆丁证实阿雷就是当年逃走的试验品后，强行抓走阿雷不成，企图通过法律夺回阿雷的监护权。阿雷和博士等人决定找到阿雷的父母，证明阿雷并非孤儿从而挫败昆丁的阴谋。在博士等人的陪同下，阿雷开始了寻找自己身世的曲折旅程，最终，在一位神秘人的帮助下，阿雷战胜重重困难，终于找到了妈妈，得知了自己的身世，而一直暗地帮...助阿雷的神秘人竟然就是阿雷的爸爸。 在一家人团聚的时刻，昆丁带人绑走了阿雷和父亲，将他们带到海底，准备实施将人类改造成海底人的“波塞冬计划”。阿雷在海洋动物们的帮助下，最终救出父亲，挫败了昆丁的阴谋，挽救了海洋动物和人类。
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