在近未来的2035年，日本某个研究计划引发了一场名为“大爆炸”的意外，失去控制的人工生命体“浑沌”侵蚀了整个黑部峡谷。曾被誉为人类希望的研究重镇就此遭政府全面封锁。事发两年后，在“大爆炸”中失去家人的15 岁少女橘爱子，从转学生神崎雄哉口中得知令人难以置信的事实。那是连爱子也不知道的自身体内隐藏着的一个秘密。而一切谜题的解答就在“大爆炸”的中心地“原始点”。爱子下定决心，与带路者神崎雄哉以及护卫部队打捞员一起，侵入被封锁的区域。少年与少女相遇，人类的命运掌握在两人手中，他们即将揭晓的又是怎样的真相？
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