故事围绕着两位表面上看来没有共同点也互不了解对方存在的年轻女性展开。玛德拉丝是在陷入内战的卡萨索尼卡王国里一位对自己过去没有印象的传奇的雇佣兵和暗杀特务。另一位女主角是玛格丽特・巴顿，她是宁静的欧洲国家那芙列斯一个富裕贵族家庭的唯一继承人。在故事开篇的12年前，玛格丽特和她的母亲乘坐的飞机在卡萨索尼卡坠毁。那次事件之后，飞机上的乘客以及担任救援人员指挥工作的玛格丽特的父亲一直行踪不明。但是，玛格丽特独自一人回到了那芙列斯，可是已失去了记忆，她唯一能回想起的只有“玛德拉丝”这一个词，然而这条线索将两位少女联系在了一起。自从强大的犯罪集团安纺的神秘的幕后主使人显示出对她们两人的兴趣，她们开始对安纺展开独立的调查。 “MADLAX”作为BEE TRAIN较早之前的作品“NOIR”的精神续作，与“魔女猎人”三者构成美少女枪战三部曲。MADLAX的制作开始于2002年，但直到黑田洋介加入这个项目才确立其最终形式。评论家们在指出MADLAX和NOIR之间的相似之处的同时也承认它们之间的不同点，比如后者的剧情更为紧凑。并且和以现实主义为主的NOIR相比，MADLAX添加超自然的因素。对于这些因素没有进一步的解释，往往需要由观众自己来判断。

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