藤泽浩纪是云之彼端约定之地的主人公。他是开朗淳朴的少年，喜欢着同伴佐由理。自高中时代起渐渐转变为性格坚强内向的青年。15岁的主人公与好朋友，他们利用军需废品，在山上的废弃小站里组装了一架名为ヴェラシーラ(Verashira)的小飞机。但是中学三年级，神秘巨塔平行世界的信息传递给了佐由理，使得平行世界进入佐由理的梦境，使女主人公进入持续睡眠。在得知神秘巨塔与佐由理有著重大关系的冲击秘密後，浩纪与拓也两人便再次完成中学当年所无法实现的梦想。 故事背景设定在以现实世界为基础所衍生的架空世界，叙述日本在津轻海峡另一侧的北海道遭到占领，形成南北两侧对立的舞台。1945年，苏联背弃日苏中立条约，于十月攻占北海道。日本恢复主权后，北海道也被改名为「虾夷」，归入苏联的体制之下。1965年赫鲁晓夫在第二十届共产党大会上宣布统合苏联、东欧与西亚所有共产主义国家的统一政体「联邦国」诞生。 1960年代后半，虾夷内部民族主义运动高涨，为了因应这个情势，联邦国于1975年与日本断交，使日本南北分裂情势延续至今。联邦国在虾夷上建造有著高度直达云端、被称为「联邦国巨塔」的神秘建筑物，该神秘巨塔因此造成美国与联邦国的军事冲突点。 住在青森的中学三年级生「浩纪」与「拓也」，梦想着能够到「神秘巨塔」所在的海峡对岸去。于是两个人为了实现梦想而开始制造名为「维席拉」（Velaciela，音近维拉切拉，意为白色之翼）的飞机。 两人的同班同学「泽渡佐由理」在因缘牵绊下遇见了浩纪与拓也两人，并对于他们要在暑假搭乘维席拉到神秘巨塔的计划非常的寄予厚望，也和浩纪许下了一起搭乘维席拉到海峡对岸去的约定；佐由理因此成为了浩纪与拓也两人完成梦想不可或缺的女孩。 在此之後，佐由理在没告知两人的情况下就突然地转学并从此下落不明。受到此一打击的两人便停止了维席拉的计划；为了忘记曾经存在的梦想，浩纪进入了东京的高中就读，而拓也则是就读青森当地的高中。 三年后的1999年，联邦国与美国之间的军事冲突即将一触即发，神秘巨塔的秘密也日渐趋于明朗化。另一方面，佐由理的行踪也因神秘巨塔的解密而曝光。佐由理是从中学三年级的夏天开始的三年内，因不明原因所引发的疾病而持续睡眠，并在发病的那年夏天即转往东京的医院住院观察。 在得知神秘巨塔与佐由理有著重大关系的冲击秘密后，浩纪与拓也两人便再次完成中学当年所无法实现的梦想。而浩纪在谨记住当时的约定下，载着佐由理飞往那云之彼端、约定的地方．．．．．．

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