《妖精的尾巴剧场版：凤凰的巫女》这次剧场的故事将围绕一名持有名为“凤凰石”的神秘之石的充满谜题的女性角色“艾克蕾娅”展开。能够自由操纵火焰的灭龙魔导士纳兹，给了纳兹许多帮助的伙伴——会飞的猫哈比、星灵魔导士露西，“FAIRY TAIL”就是一个集结了许多个性丰富的成员们的热闹公会。某一天，“希望可以抓住在某个港口城市里作恶的盗贼团首领吉斯”的委托交给了这个公会。因为这个委托有着高额的报酬，纳兹一行人便意气风发地出发了，可是，因为露西的失误，近在眼前的吉斯逃走了。因为造成了任务失败而失落的露西，在回去的路途中，与一位名为艾库莉亚的谜之少女和一只不可思议的鸟“莫蒙”相遇了。艾库莉亚竟然失去了所有记忆，唯一记得的便是自己必须将手中的“凤凰石”送到某一个地方去。对魔法极其厌恶的艾库莉亚、还有凤凰石隐藏的秘密……以这次的邂逅为契机，本次“妖精的尾巴”，将与过去从未遇到的劲敌、还有邪恶的阴谋展开激斗！

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