故事讲述了武器职人专业学院，简称“死武专”，学院里的学生分为“工匠”和“武器”，而他们的目的是收集“99个偏离人类轨道已形成‘鬼神之卵’”和“1个魔女的灵魂”，当“武器”吞噬这100个灵魂后就能升级成为专用武器Death Scythe。

一个「自认超越神的男人」的「工匠」；一个几时都要「有型」的「武器」；一个永远追求「对称」的 大人的儿子。谁能成功制造出Death Scythe？收集灵魂的冒险旅程爆笑展开……

魔女美杜莎的野心而把黑血注入早已被封印在死武专地下的鬼神体内，导致鬼神复活。鬼神复活后，狂气将会覆盖整个世界，后果将不堪设想。而因为狂气的影响，魔女阿拉克妮也再次有了实体，回到了一个名为“蜘蛛恐惧”的组织，准备打倒。

另一方面，在“鬼神复活计划”中与修泰因 因为战斗中侥幸逃脱的魔女美杜莎也因把灵魂放入了一小女孩体内而重生。在SOUL 和玛嘉打败蜘蛛女（这女人抛弃了身体）之后，她趁机进入了其体内。

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