《萌系兽娘动物园第二季》讲述建造于这个世界某处的超巨大综合动物园Japari Park，在那里，在神秘物质Sandstar的力量下，动物们接连变身成为拥有人类姿态的动物娘！她们开始与来访的人们热闹地游玩。 但，时间流逝 有一天，动物园里出现了一个看上去很困扰的迷路孩子。本是为了回家而踏上的旅途，因为动物娘们的加入，变成了一场大冒险！？
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