此时的德国正要面对着第一次世界大战战败后所产生的恶性通货膨胀。 爱德去到一个无法使用炼金术的世界（即现实世界），为了寻找回到他原来世界的线索，便与他弟弟相似的另一个青年阿尔冯斯·海德利西一起做火箭的研究，但对爱德而言，漫长的两年时光过去，相对地，能找出回到原来世界的机会也越来越渺茫。... 一日，与阿尔冯斯一同前往嘉年华会的爱德，遇到了一位名为“诺雅”的吉普赛女性。 拥有不可思议力量的她，有着只要借由接触对方就能看见被接触者的内心及想法的能力。她是被当时德国人称为“次等民族”的吉普赛人中的一员，她们自称“罗姆(Roma)”。由于她的出现，使得爱德被卷入当时纳粹外围组织“杜利协会”正要发起的计划，即寻找并入侵一个名为香巴拉的国度，同时也意味着炼金术世界将面临危机。日本动画圈知名导演水岛精二结束《钢之炼金术师》TV版之后，实际上在剧情上已经完全脱离了荒川弘的原作，这就意味着以后无论投拍多少部剧场版或者OVA动画，都有游刃有余的发挥。

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