公元2199年，地球因遭到神秘行星加米拉斯的攻击而濒临灭亡的危机。游星炸弹所释放出的放射能污染了地球表面，人类不得已只能逃到地底苟且偷生，连最终希望的地球防卫军宇宙舰队，也在冥王星战役中惨遭全灭。正当人类陷入绝望之际，远在14万8千光年外的伊斯坎达尔星却为地球带来了希望。配备了「波动引擎」的大和号正缓缓地启动，即将展开一场来回29万6千光年的浩瀚旅途……
冥王星越来越近了，为了解除游星炸弹对地球的威胁，大和号于是计划攻击冥王星基地，而加米拉斯冥王星基地司令则打算利用最新武器「反射卫星炮」加以还击。大和号进入了反射卫星炮的射程范围，却因为冥王星上还有其它生物，因此无法以波动炮展开反击。在反射卫星炮集中火力攻击之下，大和号的制动装置开始产生异常，最后沉入冥王星的海底深处……
由于大和号在冥王星一役的英勇表现，终于解除了游星炸弹对地球长期以来的威胁，但也因此引起了加米拉斯帝国大总统德斯拉的注意。脱离了太阳系之后，大和号一路朝着伊斯坎达尔快速前进，却在途中遭遇德斯拉机雷防卫线的阻挠。面对如此庞大的雷区，冲田舰长决定利用机雷部署的间隔直接穿越雷区以节省时间，不料机雷群却悄悄地缩小间隔并团团围住大和号，令大和号陷入动弹不得的险境之中……
大和号以地球与大麦哲伦星云的中间点「巴朗星」为目标努力前进，然而加米拉斯帝国的常胜将军多梅尔却早已在该星域布下重兵以逸待劳。擅于谋略的多梅尔利用巴朗星上的加米拉斯基地为饵，一方面诱使大和号全力向该基地进攻，一方面趁隙遥控绕行于巴朗星轨道上的人工太阳坠落直击大和号。大和号发现此事后随即调头180度企图以波动炮击毁人工太阳，但一切似乎已经太晚了……
经过一番波折之后，大和号终于抵达了大麦哲伦星云，尤其是在收到丝塔西亚所发出的诱导电波时，大和号舰内的紧张气氛顿时消散一空，地球终于有救了！根据丝塔西亚的指引，大和号随即向伊斯坎达尔所在的星域前进，不料在快抵达目的地时诱导电波突然中断，此时映入眼帘的竟是由两个行星所组成的双子星，那就是伊斯坎达尔吗？正当大和号全员陷入疑惑之时，为数庞大的飞弹突然从伊斯坎达尔所在的方向飞来……
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