自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变移，使地球(游戏中所谓的“失落耶路撒冷”)几乎完从从宇宙中“消失”，人类因而被迫逃亡，离开地球。 

到了四千年多后，在故事开始前十五的T.C.4753年，米尔奇亚行星(Miltia)爆发了所谓的米尔奇亚冲突事件，在此次事件当中，米尔奇亚行星的人类疑似遭到了格诺西斯(Gnosis)的攻击，并在冲突事件后消失，但事件的真相却因为米尔奇亚的消失而不为人知。在事件后，启动原始索哈尔（后来人类制造出了十二具索哈尔模拟体，因此原有的索哈尔就被称之为原始索哈尔）所需的神之语言、原始索哈尔的研究成果、米尔奇亚的U.M.N.座标等事物，都被封存在Y资料当中，而Y资料又被封存在百式观测用合成人(Relian)M.O.M.O.的意识内，然而这么做却引起了各方势力对M.O.M.O.的争夺，因此星团联邦政府(游戏中统治各行星的政府，英文名Galaxy Federation)雇了一个名叫Ziggurat 8的生化人(Cyborg)，以保护M.O.M.O.的安全。