《福音战士新剧场版：破》是2009年重新制作的Evangelion动画电影。这是福音战士新剧场版系列的第二部，英文版标题是“EVANGELION:2.0 YOU CAN (NOT) ADVANCE”。

片头一开始由真希波驾驶五号机迎击第三使徒，以自爆歼灭，插入拴脱离。同时加持已乘坐飞机离开，后来加持给了源堂“尼布甲尼撒之钥”。 镜头转到第三新东京市，真嗣与源堂到了唯的墓碑前扫墓，后来第七使徒入侵，二号机将其迎击，明日香登场，后来搬到了美里家与真嗣、美里同居，并转学到了真嗣与绫波的学校。

加持邀情真嗣、绫波、冬二、剑介以及明日香参观将红色海水还原的机构，真嗣在加持的话语中知道了美里加入NERV的原因，也就是第二次冲击。 第八使徒来袭，并差点快坠落于第三新东京市时，真嗣驾驶初号机用AT力场承接，核心则由绫波的零号机固定，由二号机击破（这是美里的作战计划，被律子认为“这只是你对使徒的复仇”），两架EVA都受了相当严重的损伤。修理期间真嗣等人度过了一段快乐的校园时光。

碍于“梵谛冈条约”规定一国只能有三架EVA，二号机由欧洲政府封印于NERV，明日香代替绫波去驾驶三号机，事后绫波在明日香的手机中留言了“谢谢”两字。

明日香在与美里讲完了电话，进入三号机的插入拴中，结果被第九使徒给入侵，并且三号机（第九使徒）从松代实验场一直往NERV本部前进，源堂指派了以维修完成后搭载傀儡系统的初号机出击，因为真嗣知道三号机也有驾驶者在内，无法出手，所以系统转由傀儡系统操控，初号机以暴力的战斗方式将三号机分尸并捕食，三号机插入拴当场被咬碎。目睹这个场景的真嗣对自己杀了人感到非常悔恨，后来他开着初号机威胁并踩踏NERV本部直到LCL浓度升高，初号机停摆为止。

真嗣在源堂的面前说出“我不想再驾驶EVA了”，却被源堂回了一句“你还想继续逃避吗？”之后从美里家离家出走。 明日香从三号机的插入拴中被NERV救回，奇迹生还。但是律子担心她遭受使徒精神污染的可能性，所以就暂时将她安置在隔离机器里。

第十使徒来袭，NERV派出了所有的兵力来抵抗，秘密入境的真希波驾驶了二号机抵挡使徒，由于使徒的AT力场非常强，她只好启动了“BEAST MODE”，击破了使徒的许多层AT力场但仍然不敌，由零号机手持N2炸雷攻击。虽然使徒受到N2炸雷的零距离攻击，但仍丝毫无损。结果零号机被使徒捕食，使徒的识别讯号变成零号机，身体也长出了类似女性身体的机构。

真嗣被真希波所驾驶的二号机从避难所带到地表，初号机拒绝傀儡系统，所以真嗣到了本部，对着源堂说出他要驾驶初号机出击。 初号机在真嗣的“把绫波......还给我！”这句话之下觉醒，从使徒身体中拉出绫波后，拘束具逐渐脱落，律子说：“初号机将成为类似神的型态的新生命，因为新生命诞生的代价，第三次冲击即将开始，世界即将结束。”这时，从天上落下了隆基努斯之枪的复制品，击中了初号机，第三次冲击停止并消失。薰驾驶的六号机从天而降，说出了谜样的话语：

“那么...约定的时刻来临了，碇真嗣。至少这次一定要让你幸福！”

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