在 Clear Card 漫画篇中小樱和知世还有小狼已经是初中生，小狼和小樱的再会就该走青春恋爱学园剧了，不过某晚小樱做了个梦看见了一个神秘的人第二天醒来发现自己所持用的所有小樱卡都变为了透明的状态（Clear Card），但是小樱本身的魔力依旧存在，之后小樱拿到了一个新的封印钥匙使用魔力后就变为了梦之魔杖，收服的卡牌也是全新的卡牌。当然小樱的朋友知世也借着这个机会再次拿起了摄像机拍下小樱穿着自己制作的各种 COS 服作为魔法少女活跃的影像，同时又有神秘的转校生出现在小樱等人的面前。
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