出生才十五天的法兰琪为了寻找自己的起源，与她的好姐妹一起找到校园中废弃的实验室，意外?动时光机器回到两百年前。法兰琪如愿见到创造自己的「爷爷」史帕奇，但他当时却是一个妄想凭空创造生命的科学宅！突然出现在他面前的法兰琪勾起了他的野心，企图在她身上找到实现妄想的关键：「生命火花」。

另一方面，为了赶上校庆话剧的彩排，精灵女孩准备打道回府，却在途中发生骇人意外，一些姐妹竟然在时空中「融合」成全新的精灵女孩。更糟的是，史帕奇穿越时空企图逮住法兰琪，把学校搞得鸡飞狗跳！在混血精灵的协助下，合体精灵需要学习齐心一致，拯救陷入危机的学校和法兰琪！

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