炎部落一战之后，延羽、嘉静、凌义、基洛、希阳五人回到金波城，这时却突然收到土元素城市——沙砾市受到邪灵组织入侵的消息，五人立刻赶往沙砾市，却发现这里出现了五个冒充机甲五勇士的人，原来这些人冒充延羽五人是为了从沙砾市酋长口中得出沙砾市能源石——灵土矿石的位置。最后在延羽五人的努力之下，终于揭发了假五人...组的身份，与此同时，却让邪灵得知了灵土矿石散落在地下的秘密！带着不惜一切都要阻止邪灵统治世界的决心，一众人重振士气再次朝已被邪灵控制的中枢塔出发。嘉静、希阳、基洛以调虎离山之计令延羽成功潜进中枢塔。顺利进入塔内的延羽却重遇罗煞，危急之际，向荣出现，原来向荣一直留守在邪灵就是为了找出中枢计算机趁机将邪灵一举歼灭!却不料，中枢计算机的能量仍被逆转，世界渐渐开始机械化，罗煞更因此令所驾驶的末日战神力量加强，眼看延羽渐不敌之际，凌义竟突然出现，救下了一众人。集合了延羽、凌义、嘉静、希阳、基洛的五大元素能量，终于将罗煞击败!却不料中枢计算机并没因此被停止，世界仍持续机械化，唯一的办法就是利用机甲召唤器中的陨石能量!经过一番痛苦挣扎，五人终于明白机甲兽神最终的使命是守护这个世界，五人决定忍痛挥别机甲! 机械化能量渐渐消散，世界再次恢复了和平。
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