高达00第二季国语版讲述的是西元2312年，天人与联合国军在2308年进行大决战的四年 后。人类已建立地球联邦政府。为了追求更进一步的国家间之统合，以及人类意识的统一，该政府在地球联邦正规军之外，设立独立治安维持部队“A- Laws”，目的为对所有危害地球联邦的势力与主义、思想等，进行非人道的压迫，对象包括反地球联邦的国家、纯源（Katharon）反抗组织，以及再次 出现的天人。
为了遵守与路易丝·哈勒维的约定，朝着成为太空工程师之路前进的沙慈·克罗斯洛德，也身不由己地，卷进了地球联邦政府的变革中。
另一方面，在四年前的最终决战中，存活下来的刹那·F·清英，默默注视着因为受天人影响而变革的世界，所产生出来的变化。打倒监视者亚历杭德罗·科 纳后，他梦想着世界从此变得和平，再没有任何纷争。可是，他所看到的却是一个由“A-Laws”所制造出来的、扭曲的和平，世界维持在“歪斜”的状态。于 是他决定与能够改变世界的力量——“高达”再次一同战斗。
再次开始变化的世界中，刹那与沙慈的未来将朝向何方？
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