宠物小精灵起源是以口袋妖怪游戏的第一部作品「口袋妖怪红·绿」的人物为中心进行故事展开的作品，动画描写的是主角为少年小红，受大木博士委托，和搭档小火龙一起在关东地区展开大冒险，途中遇到少年小绿，并一起与火箭队战斗的故事。

少年小红从口袋妖怪研究所的大木博士那里得到了搭档小火龙，并与他一起展开大冒险。小红的目的就是为了帮博士完成，口袋妖怪图鉴的收集工作。因此他和小火龙一起和各种口袋妖怪相遇并战斗。在战斗中，小红遇到了作为对手的小绿，并和其一起与火箭队展开战斗。为了与火箭队的BOSS坂木展开对决，他们在去挑战的过程中与各种未知的口袋妖怪相遇！值得还念的「口袋妖怪红·绿」的崭新的冒险故事从现在开始登陆动画平台！

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