小智一人来到了常磐市森林里的果野村，在森林的祠堂前碰见了一位昏厥的少年。他们赶紧送少年到村里的老婆婆永久家里，从永久口中得知雪成就是40年前的少年。回到森林找到雪拉比时，在他们面前却出现了"贵为"火箭队最高干部的比夏斯。他使用了最强的机械和能把神奇宝贝变成邪恶状态的「黑暗球」来对付小智他们。在激烈的战斗中，小智和雪成产生了穿梭时空的友情，但是到了最后还是让比夏斯收服了雪拉比，利用其力量造出了破坏森林的怪物，整个森林顿时陷入危机！ 这时，传说的神奇宝贝「水君」突然出现了。拥有能让一切事物净化的水君，是否能帮助小智他们解决危机呢？这场神奇宝贝史上惊心动魄、以及彻底描绘友情感动的结果究竟如何？
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